馆内共存有明清档案、民国档案、革命历史档案、原广东省海南行政区、海南黎族苗族自治州档案和海南建省后档案、资料、图书以及录音、录像、照片、印章等不同载体的档案约17万卷（件、册）。

1.明清档案

馆藏明清档案约1000卷（件），主要由民国档案全宗内散存件、中华人民共和国成立前私立海南大学捐赠件以及民间征集件构成。内容主要反映的是外国领事馆和清政府在海南等地开展外交、通商、海关等活动的情况，档案内容丰富，形式多样，既有公函、会议材料、史料画刊剪集、电报、又有火花、讽刺漫画、地契和王公贵戚之往来信笺、便笺等等。

2.民国档案

馆藏民国档案共有11个全宗，档案9131卷。全宗有民国海南特区行政长官公署档案汇集；民国琼山县政府档案汇集；民国海南公安司法档案汇集；民国海南（海口）邮电局；民国海南银行总行；民国海南铁矿局；民国广东省粮食局经理委员会海南办事处；民国交通部广州航政局海口办事处；民国两广盐业管理局海南盐务分局等。这些档案记述了国民政府在海南的活动情况，同时也有记录日本在海南的暴行等档案资料。

3.革命历史档案

馆藏海南革命历史档案共有档案263卷。档案构成一部分系原琼崖红色政权党政军机构保存，中华人民共和国成立后移交海南军政委员会档案部门，一部分系复制于广东省档案馆和中央档案馆，另有征集进馆1925年至2001年涉及革命历史内容的原始档案和回忆录。档案内容主要为早期中国共产党人在琼的活动以及中国共产党琼崖特委、苏维埃政府、琼崖纵队等党政军机构及各县级组织关于党政军组织、政权建设，政治理论宣传，形势分析报告，军事斗争情况，国共谈判，抗日斗争，生活福利，支前扩军，经济工作，清匪反特方面的各种文件材料。反映了在党中央的领导下，琼崖特委率领海南革命武装和革命群众，坚持23年红旗不倒，进行艰苦卓绝的斗争，直到解放。

4.原广东省海南行政区和海南黎族苗族自治州档案

馆藏原广东省海南行政区和海南黎族苗族自治州档案，起止时间从1950年至1988年，包括原区直机关档案和州直机关的档案共有115个全宗，档案5万多卷。这部分档案按来源分为党群系统和政府系统。党群系统，主要包括中共海南区委员会、中共海南黎族苗族自治州委员会及其各部、委、办形成的档案；海南（包括自治州）工会、贫协、共青团委、妇联会形成的档案。政府系统，包括海南（自治州）军管会、海南（自治州）革命委员会、海南行政公署、自治州人民政府及其各委、办、局形成的档案。这部分档案比较系统、完整地反映、记载了海南岛的广大工人、农民、人民解放军和知识分子，在中国共产党的领导下，在保卫海南、建设海南的伟大事业中所取得的辉煌成就及经验教训，对于工作查考、领导决策，总结经验、科学研究都具有重要的利用价值。

5.海南建省后档案

1988年4月13日海南建省创办经济特区对海南来说具有划时代的意义，海南档案从此掀开了新的篇章，档案各项事业的发展也驶入了快车道，健全法律法规，完善工作机制，拓宽工作领域，整合档案信息资源，创新服务内容已成为海南省档案馆档案工作的新导向。目前，海南省档案馆馆藏建省后各种门类各种载体档案约8万多卷，其中，重要档案有：海南建省及创办经济特区文件；党和国家给予海南的各项优惠政策文件；海口美兰国际机场、世纪大桥、粤海铁路等重点工程技术档案；博鳌亚洲论坛、三亚世界小组评选、三亚南山寺开光典礼等重大活动档案等等。

随着国际旅游岛建设进程的日益加快，琼兰人将以“为国家管档，为民族守史”为使命，以更加昂扬的斗志和崭新的姿态面向社会，服务大众！